Технология представлена в журнале Bioinformatics.
Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) недавно представила список устойчивых к действию антибиотиков «приоритетных патогенов», представляющих наибольшую опасность для здоровья человека. Микробная лекарственная устойчивость вызвана широким неконтролируемым использованием антибиотиков в медицине и сельском хозяйстве: прогнозируется, что к 2050 году около 10 миллионов человек будут умирать ежегодно из-за причин, связанных с лекарственной устойчивостью.
Ученые из Федерального научно-клинического центра физико-химической медицины, Московского физико-технического института и Лаборатории данных создали веб-интерактивную визуализацию кишечного резистома — присутствия генов лекарственной устойчивости к действию антибиотиков в микробиоте кишечника человека. Навигационный слой географической карты позволяет сформулировать гипотезы относительно глобальных тенденций устойчивости к антибиотикам и сопоставить особенности резистома кишечника с национальными практиками по применению лекарств.
ResistoMap содержит два основных интерактивных рабочих поля — географическую и тепловую карты. Пользователь может выбрать интересующую группу антибиотиков или страну, которые будут отображаться в тепловой карте, и получить срез резистома. Данные могут быть отфильтрованы по странам, полу, возрасту и диагнозу. Пока разработчиками проанализированы на предмет уровня резистома данные для более 1600 человек из 12 исследований, охватывающих 15 стран, при этом для пользователей ресурса имеется возможность добавления на карту резистома новых опубликованных данных в едином формате.
Используя ResistoMap, можно оценить глобальное изменение потенциала резистентности к различным группам антибиотиков и изучить связи между специфическими лекарственными средствами и клиническими факторами. Например, метагеномы датчан, как правило, демонстрируют самый низкий уровень резистома среди европейских групп, тогда как французские образцы имеют самые высокие уровни, особенно фторхинолонов, антибактериальных лекарственных средств широкого спектра действия. Это согласуется с тем фактом, что Франция имеет самый высокий общий уровень использования антибиотиков в Западной Европе, а Дания и Германия — страны, где применение противомикробных препаратов умеренно как в здравоохранении, так и в сельском хозяйстве. С другой стороны, китайское и русское население имеет более высокий уровень резистома — вероятно, ввиду менее жестких правил применения, частого назначения антибиотиков широкого спектра, а также легкой их доступности без рецепта. Самые низкие уровни резистентности микробиоты наблюдаются у изолированной популяции индейцев из Венесуэлы, практически не имеющих контактов с населением развитых стран. Анализ выявляет некоторые новые тенденции, которые ожидают дальнейшего толкования с клинической точки зрения.
«Мы предполагаем, что разведочный анализ глобального ландшафта антимикробной устойчивости кишечной микробиоты с использованием ResistoMap подскажет исследователям новые идеи о том, как оптимизировать схемы применения антибиотиков в медицине, а также в сельском хозяйстве», - отметил один из авторов разработки Константин Ярыгин.
Подробнее: http://www.medvestnik.ru/content/news/Rossiiskie-uchenye-sozdali-mirovuu-kartu-ustoichivosti-k-antib...
