Российская программа для анализа ДНК 01 апреля 2016 года, 09:27

Мария Ефимова, пресс-служба ИППИ

Младший научный сотрудник учебно-научного центра «Биоинформатика» Института проблем передачи информации им. А. А. Харкевича (ИППИ РАН) Анна Казнадзей приняла участие в создании компьютерной программы NSimScan (Nucleotide Similarity Scanner), позволяющей находить родственные структуры в последовательностях ДНК. Статья Novichkov et al., NSimScan: DNA comparison tool with increased speed, sensitivity and accuracy с описанием программы опубликована в журнале Bionformatics (Oxford University Press).с описанием программы опубликована в журнале Bionformatics (Oxford University Press).

«Программа NSimScan работает со скоростью самых быстрых аналогов, значительно превосходя их по чувствительности и при многократно сниженной частоте ошибок — рассказывает о разработке Анна Казнадзей. — Наилучшие результаты она демонстрирует при поиске структур, совпадающих на 55–90%, в очень больших базах данных. Это делает её удобной для широкомасштабных сравнительных исследований последовательностей ДНК».

Инструмент доступен на https://github.com/abadona/qsimscan и подходит для работы на Linux, OS X и Windows (с cygwin).

Анна Казнадзей на школе-конференции ИТиС-2015

Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru