Общей особенностью раковых клеток является изменение количества копий (copy number alterations, CNA), в которых каждая хромосома или ген присутствует в геноме. В пределах одной и той же опухоли может находится множество различных CNA. Опухоли с большим количеством CNA, как правило, очень агрессивны и чаще имеют тенденцию к метастазированию, даже после агрессивного лечения.
Теперь в Швеции разработали новый геномный метод, названный CUTseq, который может оценить количество и тип CNA в различных частях одной и той же опухоли, по гораздо более низкой стоимости, чем уже существующие технологии.
Метод работает с ДНК, извлеченной из биопсий и даже очень небольших образцов опухолевых тканей.
Путем мечения ДНК, извлеченной из нескольких областей одного и того же образца опухоли с помощью уникальных молекулярных штрих-кодов, можно получить полную картину гетерогенности CNA в опухоли с помощью одного эксперимента по секвенированию.
По словам учёных, разработавших новый метод, применение CUTseq не ограничивается только диагностикой рака.
Например, CUTseq может использоваться в качестве платформы для аутентификации клеточных линий и мониторинга стабильности генома в больших хранилищах клеточных линий и биобанках. Его можно применить в качестве альтернативы другим методам секвенирования генома, таким как RAD-seq, для оценки биоразнообразия экономически эффективным способом.
Статья Zhang et al. CUTseq is a versatile method for preparing multiplexed DNA sequencing libraries from low-input samples опубликована в журнале Nature Communications.
Елена Панасюк, портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru по материалам Karolinska Institutet: New diagnostic method finds aggressive tumors.
