Швейцарские ученые под руководством Барта Депланке (Bart Deplancke) из Института биоинженерии Федеральной политехнической школы Лозанны (EPFL’s Institute of Bioengineering) разработали новый подход к секвенированию РНК.
Секвенирование РНК – метод, который используется для анализа работы генома путем изучения экспрессии его генов. Такие анализы – стандартный инструмент для исследований в области транскриптомики, поскольку они опираются на технологии, которые сегодня широко распространены. Тем не менее, секвенирование РНК по-прежнему является дорогостоящим и трудоемким процессом, поскольку сначала нужно подготовить весь пул генов, генерируемый из РНК клеток, а затем полученные данные нужно проанализировать, что также довольно трудоёмко и сложно. Все это делает метод не слишком распространённым. К счастью, новый подход – штрих-кодирование и секвенирование (barcoding and sequencing, BRB-seq) – снижает денежные затраты и время проведения анализа, а также даёт возможность секвенировать РНК у большого количества образцов. Помимо всего прочего преимуществом метода является сохранение специфичности спиралей. Таким образом, BRB-seq предлагает недорогой подход для работ в области транскриптомики на сотнях образцов РНК, что может увеличить количество биологических копий (и, следовательно, экспериментальную точность) за один прогон. Технология позволяет проверить около 192 образцов всего за два часа в день.
Ученые также отметили, что BRB-seq может обнаруживать то же количество генов, что и «золотой стандарт» в этой области “TruSeq Stranded mRNA”, на той же глубине секвенирования, и метод показывает точные результаты даже с использованием образцов РНК низкого качества.
На рисунке показано сравнение общепринятого метода секвенирования РНК RT-qPCR и метода BRB-seq.
Статья Alpern et al. BRB-seq: ultra-affordable high-throughput transcriptomics enabled by bulk RNA barcoding and sequencing опубликована в журнале Genome Biology.
Елена Панасюк, портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru/ по материалам École polytechnique fédérale de Lausanne: BRB-seq: the quick and cheaper future of RNA sequencing.
