DriverDB: база данных экзомного секвенирования для выявления раковых генов

Разработчики

Вей-Чунг Ченг, И-Фанг Чунг, Чен-Йанг Чен и др.

Описание технологии

Экзомное секвенирование способствовало обнаружению множества мутаций в раковых опухолях. Тем не менее, по-прежнему остаются трудности в конвертировании онкогеномных данных в такую информацию, которая является легко интерпретируемой и доступна для применения в лечебной практике. Не меньшей трудностью остается поиск раковых генов и мутаций среди всех мутировавших генов.

Тайваньские ученые создали базу данных DriverDB (http://ngs.ym.edu.tw/driverdb/), которая включила данные экзомного секвенирования 6079 образцов, базы данных аннотаций (такие как dbSNP, 1000 Genome и Cosmic) и опубликованные биоинформационные алгоритмы, посвященные выявлению опухолевых генов и мутаций. Основной задачей DriverDB является прогнозирование раковых генов путем использования разнообразных алгоритмов. Также база данных позволяет с разных сторон взглянуть на мутационный профиль отдельных генов.

В базе данных представлены два среза данных — «Раковая опухоль» и «Ген», которые помогают исследователям визуализировать взаимосвязи между опухолями и опухолевыми генами и мутациями. Секция «Раковая опухоль» обобщает результаты вычислений опухолевых генов (для определенного типа рака и массива данных) с помощью восьми вычислительных методов и дает три уровня биологической интерпретации для осмысления взаимосвязей между раковыми генами. Секция «Ген» разработана для разносторонней визуализации информации о мутациях раковых генов. Кроме того, база данных имеет функцию «Метаанализ», благодаря которой исследователи могут определить раковые гены в различных анализируемых образцах.

Практическое применение

Выявление новых раковых генов и мутаций с помощью базы данных DriverDB перспективно как для фундаментальных исследований, так и для биотехнологической отрасли.

Лаборатории

• Pediatric Neurosurgery, Department of Surgery, Cheng Hsin General Hospital, Taipei, (Тайвань)
• VGH-YM Genomic Research Center, National Yang-Ming University, Taipei, (Тайвань)
• Institute of Biomedical Informatics, National Yang-Ming University, Taipei, (Тайвань)
• Information Technology Office, Taipei Veterans General Hospital, Taipei, (Тайвань)
• Institute of Microbiology and Immunology, National Yang-Ming University, Taipei, (Тайвань)
• Department of Education and Research, Taipei City Hospital, Taipei, (Тайвань)

Ссылки

Публикации

• Cheng, Wei-Chung, et al. «DriverDB: an exome sequencing database for cancer driver gene identification." Nucleic acids research 42.D1 (2014): D1048-D1054.
• Gnad, Florian, et al. «Assessment of computational methods for predicting the effects of missense mutations in human cancers." BMC genomics 14.3 (2013): 1.
• Carter, Hannah, et al. «Cancer-specific high-throughput annotation of somatic mutations: computational prediction of driver missense mutations." Cancer research 69.16 (2009): 6660–6667.
• Zhao, Huiying, et al. «DDIG-in: discriminating between disease-associated and neutral non-frameshifting micro-indels." Genome biology 14.3 (2013): 1.
• Li, Miao-Xin, et al. «Predicting mendelian disease-causing non-synonymous single nucleotide variants in exome sequencing studies." PLoS Genet 9.1 (2013): e1003143.